Sarana dan prasarana kesehatan di Kabupaten Barito Timur dapat dikatakan cukup lengkap. Di seluruh kecamatan tersebar puskesmas dan puskesmas pembantu yang siap untuk melayani masyarakat. Rumah Sakit Umum Daerah (RSUD) terletak di ibu kota kabupaten, yaitu di Kelurahan Tamiang Layang. Terdapat 11 orang dokter spesialis di RSUD Tamiang Layang dan terdapat 34 jumlah ruang perawatan dan 102 ranjang perawatan. Untuk dokter umum selain di RSUD juga terdapat di seluruh puskesmas di Kabupaten Barito Timur, minimal 1 orang dokter umum. Untuk tenaga kesehatan dokter gigi hanya terdapat di RSUD, UPTD Puskesmas Pasar Panas, UPTD Puskesmas Tamiang Layang, UPTD Puskesmas Ampah.
Pada 10 penyakit terbanyak di Barito Timur, jenis penyakit diabetes menduduki posisi teratas yaitu 336 kasus. Untuk kesehatan persalinan terdapat 0,22 persen kematian ibu dan 0,83 persen kematian bayi. Kematian ibu tertinggi pada proses persalinan ada di Kecamatan Benua Lima yaitu 1,33 persen dan kematian bayi tertinggi pada proses persalinan ada di Kecamatan Paju Epat yaitu 1,71 persen. Untuk kasus bayi berat badan lahir rendah pada tahun 2020 ada 3,47 persen. Jumlah ibu hamil pada tahun 2020 meningkat sebesar 1,63 persen dari tahun sebelumnya.
Jumlah pasangan usia subur (PUS) pada tahun 2020 adalah 23.516 pasang. Terdapat 79,79 persen (18.763) peserta KB aktif di Kabupaten Barito Timur. Alat kontrasepsi yang paling banyak digunakan oleh peserta KB aktif adalah pil dan suntikan masing-masing 44,33 persen dan 37,16 persen.
Di Kabupaten Barito Timur terdapat sebanyak 84.183 anggota aktif dari BPJS Kesehatan. Kecamatan dengan anggota BPJS Kesehatan terbanyak berasal dari Kecamatan Dusun Timur dengan porsi 24,63 persen. Untuk jenis keanggotaan BPJS Kesehatan mayoritas adalah anggota kelas III yaitu 71,06 persen, sedangkan untuk kelas II adalah 16,09 persen, dan untuk kelas I adalah 12,85 persen.